Fatih Sultan Mehmet'in 1455 yıllında Enez'i fethetmesiyle camiye dönüştürülen mabet, 1965'de meydana gelen depremde büyük zarar görmüştü.
Büyük ölçüde zarar gören Enez Ayasofya Cami-i Şerifi ibadete kapatılmıştı. Vakıflar Genel Müdürlüğünce 2015 yılında caminin restorasyon çalışması için görüşmeler başlatıldı.
2016 yılında proje ve ihale aşaması sonrası vakfiyesine uygun şekilde restorasyonu Edirne Vakıflar Bölge Müdürlüğü koordinasyonunda tamamlandı. Tarihi Osmanlı camisi 56 yıl sonra yeniden ibadete açıldı.
